遅刻した時間を有給で相殺できる？

従業員が始業時間を５分過ぎて出勤打刻しました。その時に会社から「始業時間を過ぎたのだから、有給を申請しなさい。」と言われ有給申請をしました。結果として、従業員の給与から遅刻による控除（減額）はありませんでした。しかし、勤怠管理をする上で、正しい方法だったのでしょうか？

【有給休暇の取得を会社が指示できる？】
有給休暇の取得について「労働基準法」では、年次有給休暇を取得する日は、労働者が指定することによって決まり、会社は指定された日に年次有給休暇を与えなければなりません。ただし、労働者の指定した日に年次有給休暇を与えると、事業の正常な運営が妨げられる場合は、会社に休暇日を変更する権利（時季変更権）が認められています。
この事から、会社は原則として年次有給休暇の取得に関して指定をすることができません。また、本来事前に申請しなければならない有給休暇を事後に申請する場合は、事後に申請することを会社が認めれば可能という程度でしょう。

【遅刻を有給に変えられる？】
では、遅刻した従業員が望めば、有給休暇に替えられるのでしょうか？始業時間に遅れた場合、給与から遅刻した時間分が控除されます。従業員が有給休暇取得を希望したとしても、遅刻をしたこととは全く別の問題であると言えるので、原則は有給休暇に替えることができません。
しかし、時間単位の有給休暇取得を定めている会社で、かつ有給休暇の事後申請を認めた場合であれば、遅刻した時間に有給休暇を充てることができるでしょう。

河島桃世